Su directorio se reunió por primera vez el 20 de mayo de 1997, lo que dio inició a su actividad con la constitución del Fondo para la Investigación Científica y Tecnológica (FONCyT) y del Fondo Tecnológico Argentino (FONTAR) como sus núcleos sustantivos. Luego del primer año de gestión, la ejecución de fondos de la Agencia alcanzó los $18.677.093. En 2012, la ejecución superó los $1.000.000.000.
La sanción en 2004 de la Ley N° 25.922 de Promoción de la Industria del Software permitió la creación de un nuevo fondo bajó la órbita de la Agencia: el Fondo Fiduciario de Promoción de la Industria del Software (FONSOFT). El objetivo del FONSOFT es promover la innovación de la industria de las tecnologías de la información y la comunicación (TIC), específicamente en el sector del software, las telecomunicaciones y los sistemas informáticos.
Entre los años 2003 y 2007, la institución introdujo novedosos instrumentos y líneas de fomento económico. El FONCyT creó nuevas modalidades para el financiamiento de proyectos de investigación científica y tecnológica (PICT) y de proyectos de investigación científica y tecnológica orientados (PICT-O). Por su parte, el FONTAR aumentó en dicho período casi cinco veces sus desembolsos en diversas líneas como los aportes no reembolsables (ANR), certificados de crédito fiscal y los créditos a empresas (CAE), que se incorporaron para atender una mayor demanda de financiamiento, producto del fuerte crecimiento de la actividad económica y de la reactivación de un gran número de ramas productivas. El FONSOFT lanzó asimismo sus primeros instrumentos de financiamiento: ANR y emprendedores.
En diciembre del 2007, con la creación del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva, que dio cuenta de la priorización y jerarquización de las políticas científico tecnológicas, la Agencia se incorporó como organismo desconcentrado bajo la órbita de la cartera. Con este fuerte impulso en el período 2007-2009 se profundizó una política decididamente enfocada en la promoción asociativa, los programa de áreas estratégicas (PAE) administrados por el FONCyT y los proyectos integrados de aglomerados productivos (PI-TEC) administrados por el FONTAR.
En el año 2009 se creó el Fondo Argentino Sectorial (FONARSEC), que asumió la tarea de diseño y gestión de herramientas asociativas mediante la conformación de consorcios públicos-privados, que tuvieran como objetivo mejorar la competitividad en el sector, contribuir a la solución de problemas estratégicos y dar respuesta a las demandas de la sociedad, las empresas y el Estado. Las áreas temáticas que prioriza hoy el FONARSEC son: biotecnología; nanotecnología; tecnologías de la información y la comunicación; energía; salud; agroindustria; desarrollo social; medio ambiente y cambio climático. Para llevar a cabo tal objetivo, se crearon líneas de subsidios destinadas a proyectos de innovación tecnológica sectoriales e iniciativas de desarrollo de empresas de base tecnológica, dentro de las iniciativas más destacadas.
En el período 2009-2012, se desarrollaron acciones tendientes a la focalización de la innovación asociativa y el acoplamiento del conocimiento a la producción. Por eso se lanzó la línea de financiamiento de proyectos de plataformas tecnológicas (PPL), bajo administración del FONCyT. El FONTAR, rediseñó sus instrumentos con el objetivo de dinamizar el acceso al financiamiento a un mayor número de PyMES y contribuir con el desarrollo de servicios tecnológicos, la cooperación empresarial en aglomerados productivos y el desarrollo de proveedores.
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